Наукова бібліотека Одеського національного університету має в своєму складі 15 іменних книжкових зібрань, які заповіли університету видатні вчені, державні діячі, ректори, професори та інші.
Початок іменним фондам Наукової бібліотеки покладено дарунком відомого славіста професора В.І. Григоровича (1815-1876). Зібрання книжок з питань слов'янської філології, історії, етнографії та ін. нараховує 795 назв (889 томів). Серед найцікавіших стародруків у фонді Григоровича - друге видання "Лексикону" Памви Беринди (Кутеїн, 1653), книжки Петровської епохи, рідкісні словники і граматики.
Бібліотека графа О.Г.Строганова (1795-1891) є другою за обсягом серед іменних колекцій університетської бібліотеки (зберігається з 1896 р.). В ній 18 891 одиниця книжок і журналів широких тематичних напрямків: книжки з військової справи, правознавства, історії, біології, медицини. У складі Строгановського фонду чимало рідкісних газет та журналів епохи Просвітництва і Французької революції. Відзначимо також 55 примірників видань, заборонених царською цензурою.
Найпрестижніша колекція Наукової бібліотеки Одеського національного університету - книжкове зібрання родини Воронцових (передана Новоросійському університету за заповітом її останнього власника - князя С.М.Воронцова) налічує 13690 назв (52800 томів) більш ніж двадцатьма мовами. У фонді багато раритетів, чимало з яких відсутні в найзначніших книгосховищах світу. Серед видань XVI ст. (27 од.) відзначимо так звану Біблію Радзивілів, яка була надрукована у Бржеці (Брест-Литовську) у 1563 р. Це видання першого перекладу Біблії польською мовою має виключну цінність. У колекції представлено велику кількість енциклопедій, словників, мемуарної літератури, описів мандрівок і експедицій. У фонді зосереджена значна частина західноєевропейської історичної та мемуарної літератури, пов'язаної з Україною, що є цінним джерелом вивчення різноманітних аспектів історії країни у XVII-першій третині XVIII ст. Значну частину бібліотеки Воронцових складають книжки, брошури, газети і журнали епохи Французької революції, у тому числі - рідкісні контрреволюційні і емігрантські видання. Надзвичайно багата колекція європейської періодики XVII- XIX ст. (понад 500 назв) містить найрідкісніші періодичні видання, деякі з яких є унікальними. В бібліотеці Воронцових також широко представлені місцеві, перш за все - одеські видання.
Іменний фонд історика М.К. Шильдера (1842-1902) нараховує 4136 назв і становить собою зібрання книг і журналів переважно російською, французькою та німецькою мовами з вітчизняної та зарубіжної історії. Оригінальну окрему частину шильдерівського фонду складають знамениті Шильдерівські теки - тематичні підбірки журнальних та газетних вирізок, присвячених видатним історичним подіям XIX ст.
Драматургічний фонд М.В.Терещенка у складі 176 одиниць надійшов до бібліотеки у 1919 р. Фонд складають п'єси українських, російських та інших зарубіжних авторів.
Книжкове зібрання професора філологічного факультету Б.О. Лупанова (1887-1959) присвячене питанням романо-германської філології і нараховує 491 назв дванадцатьма мовами (надійшло до бібліотеки у 1960 р.).
До складу особистого зібрання книжок доктора педагогічних наук професора А.Г. Готалова-Готліба (1866-1960) входять книжки з педагогіки, психології, історії; всього 683 назви (в НБ ОНУ - з 1961 р.).
Фонд відомого геолога, історика і бібліографа Ф.Є. Петруня (1894-1963) містить 3527 назв книжок, брошур, атласів, карт. Це видання одинадцятьма мовами з географії, геології, біології, історії, права тощо. Фонд має виразний краєзнавчий характер (у Науковій бібліотеці зберігається з1963 р.).
Фонд професора С.П. Ільова (1937-1994) містить - біля 7000 книг, в основному - з питань літературознавства і мовознавства (зберігається у НБ ОНУ з 2003 р.).
У 2004-2008 рр. Наукова бібліотека отримала книжкові зібрання професорів Одеського університету географа, еніолога Г.І.Швебса, філолога А.К. Смольської і географа академіка І.П. Зелинського, літературознавця Є.М. Прісовського, а також краєзнавця та бібліофіла В.С. Фельдмана, кожне з яких має своє обличчя. У 2005 р. до бібліотеки надійшов фонд професора, ректора ОНУ імені І.І. Мечникова В.А. Сминтини.
